为进一步加强昆明市土地增值税征收管理，规范税收执法，降低执法风险，防范廉政风险，优化营商环境，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）、《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）、《国家税务总局云南省税务局关于土地增值税征管若干事项的公告》（国家税务总局云南省税务局公告2020年第7号）等文件规定，制定本工作指引。
土地增值税项目所属税源管理部门负责对从事房地产开发纳税人的日常管理，包括前期管理、预征管理、清算评估与计划制定、清算通知、纳税辅导、申报受理、清算审核结论出具、尾盘管理等。
土地增值税清算审核以土地增值税清算审核团队（以下简称：清算审核团队）形式开展，清算审核团队专司土地增值税清算审核工作，与日常管理工作“双分离”。清算审核团队成员在土地增值税清算审核工作期间不再额外承担主管税务机关安排的其他工作。
各主管税务机关成立县（区）局土地增值税清算领导小组（以下简称：清算领导小组），负责指导税源管理部门做好土地增值税项目日常管理和清算前期准备工作，带领清算审核团队开展土地增值税清算审核，对清算审核团队提交的土地增值税初审结果集体合议并形成清算审核结论等事项。清算审核团队启动土地增值税项目审核后，清算领导小组应当指派一名工作人员作为在清算项目的联络员，专职负责与清算审核团队的对接工作。
土地增值税征收管理分为前期管理、预征管理、清算评估与计划制定、清算通知、纳税辅导、申报受理、资料交接、案头审核、实地核查、初审初核、意见交换、清算审核结果报告、清算审核结果合议、提请核定征收、清算方式集体审定、核定征收结果审核、资料归档、审核结论出具、尾盘管理、售罄注销二十个环节。
一、前期管理
（一）土地增值税项目基础信息报告
昆明市以《建设工程规划许可证》为单位对土地增值税项目进行日常管理和土地增值税清算。
从事房地产开发的纳税人取得土地使用权并获得房地产开发项目《建筑工程施工许可证》后30日内，应当通过电子税务局办理土地增值税项目首次报告，并于每次取得《投资项目备案证》《国有土地使用权出让合同》《不动产权证书》《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》《建筑工程施工许可证》《商品房预售许可证》《商品房现售备案证》《竣工验收备案证明书》后15日内更新土地增值税项目报告信息。
有条件的地区可以与发展和改革、自然资源和规划、住房和城乡建设等部门建立涉税数据共享交换机制。能够通过第三方涉税部门获取的证件信息，可交由纳税人确认，不再要求纳税人重复报送，降低纳税人申报负担。
在土地增值税相关政策文件更新土地增值税项目基本信息报告事项前，税源管理部门可向从事房地产开发的纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税项目基础信息报告通知），明确土地增值税项目首次报告及更新报告义务以及报告时限。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）土地增值税项目房源信息报告
从事房地产开发的纳税人应当于每次取得《商品房预售许可证》《商品房现售备案证》后15日内通过电子税务局报送《房源信息表》，并于每个季度终了后15日内通过电子税务局更新《房源信息表》。
有条件的地区可以和房屋交易产权管理部门建立商品房房源数据和网签登记数据共享交换机制。能够通过第三方涉税部门获取的房源信息，可交由纳税人确认，不再要求纳税人重复报送，降低纳税人申报负担。
在土地增值税政策文件明确土地增值税项目房源信息报告义务前，税源管理部门可向从事房地产开发的纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税项目房源信息报告通知），明确《房源信息表》首次报告和更新报告义务以及报告时限。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（三）土地增值税项目拆分合并
从事房地产开发的纳税人未以《建设工程规划许可证》为单位报告土地增值税项目的，或者有其他需要拆分、合并土地增值税项目情形的，应当通过电子税务局向税源管理部门提交土地增值税项目拆分、合并申请。税源管理部门应当及时完成核实，对符合拆分、合并条件的项目，通过金税三期系统“土地增值税项目报告（拆分合并情形）”模块，完成对土地增值税项目基础证件信息、房源信息、预征信息的拆分或合并。
税源管理部门在日常管理过程中，发现纳税人未以《建设工程规划许可证》为单位报告土地增值税项目的，也可使用金税三期系统“土地增值税项目报告（拆分合并情形）”模块完成对土地增值税项目的拆分、合并。
金税三期系统土地增值税项目累计可拆分合并次数为1次。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（四）土地增值税项目管理
税源管理部门应当加强对从事房地产开发纳税人的政策辅导和土地增值税项目开发、销售进度跟踪，及时将已取得《建设工程规划许可证》的项目纳入土地增值税项目管理台账，以土地增值税项目编码为单位实施项目管理，定期或动态更新项目状态、销售比例、销售收入、清算条件等涉税信息，摸清税源底数，夯实征管基础。
土地增值税项目管理台账更新频率不得超过一个月。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
二、预征管理
（一）税种认定
从事房地产开发的纳税人首次取得《商品房预售许可证》或《商品房现售备案证》后，税源管理部门应当与纳税人确认土地增值税项目涉及的房源类型，并添加相应的征收品目。
在土地增值税项目预售环节，税源管理部门可依据房地产开发项目取地成本、销售价格、预计的开发成本及开发费用等情况，测算应纳土地增值税税额（考虑普通住房免税因素后），以测算的应纳税额除以预计的转让收入，计算出该项目土地增值税税负率水平；若测算的税负率水平明显高于当地预征率水平的，可以实行单项预征率预征。实行单项预征率预征的项目，在添加征收品目时填写经测算确定的预征率。
确定单项预征率未超过5%的，由主管税务机关集体审议确定；确定单项预征率超过5%（含）的，报经昆明市税务局集体审议确定。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）未足额预征风险排查
税源管理部门应当定期排查从事房地产开发的纳税人是否已足额申报预缴土地增值税，通过分析纳税人填报的土地增值税计税依据与增值税预缴申报销售额、企业所得税销售未完工产品取得的收入差异，研判是否存在未足额申报预缴税款的税收违法行为；还可利用土地增值税计税依据统计年度销售收入变化趋势，分析是否存在明显异常；有条件的地区可以与住房和城乡建设部门建立预售资金监管账户流水数据共享交换机制，研判纳税人是否按照收取的预收款足额预缴土地增值税。
从事房地产开发的纳税人未按照实际收取的预收款金额全额申报土地增值税预征税款的，税源管理部门应当向纳税人送达《责令限期改正通知书》，责令其限期改正。纳税人拒不申报的，税源管理部门应当收集整理相关征管资料，固定未足额申报土地增值税预征税款证据，提请清算领导小组移送稽查局处理或协调稽查局配合采取措施发挥震慑作用。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
三、清算评估与计划制定
（一）土地增值税项目清算条件跟踪
税源管理部门在日常管理过程中，应当重点关注土地增值税项目最后一份《商品房预售许可证》取得时间，最后一份《竣工验收备案证明书》取得时间，以及不同类型房地产销售、自用、出租比例。
土地增值税项目符合《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第九条规定的应清算条件的，税源管理部门应当及时将该项目纳入当年清算计划。
土地增值税项目符合《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第十条规定的可要求清算条件的，税源管理部门应当及时对该项目作出评估。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门、税政二股
（二）符合可要求清算条件项目评估
土地增值税项目符合可要求清算条件后，税源管理部门应当通过金税三期系统“土地增值税清算计划”模块，结合竣工验收、工程决算、发票取得、配套设施移交等情况作出合理评估，出具评估意见，提请主管税务机关分管财产和行为税工作的局领导批准，确认是否纳入当年清算计划。对确定暂不纳入清算计划的，应当继续做好项目管理，关注项目动态，每年作出评估，及时确定清算时间并通知纳税人办理清算。
对虽符合可要求清算条件，但仍存在未竣工验收、未完成决算、未取得合法凭据、未完成配套设施移交或其他可能影响土地增值税清算结果事项的土地增值税项目，税源管理部门经评估后可向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税清算前期准备通知），明确告知纳税人在通知期限内处理上述重大事项，做好土地增值税项目清算前期准备工作。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门、税政二股
（三）土地增值税清算计划制定
税源管理部门应当于每个年度终了前30日内，制定次年土地增值税项目清算计划，经税政二股复核、汇总后，报请分管财产和行为税的局领导批准，上报昆明市税务局备案。
土地增值税项目符合应清算条件的，或者符合可要求清算条件经评估需纳入当年清算计划的，税政二股应当及时更新土地增值税项目清算计划，上报昆明市税务局备案。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门、税政二股
四、清算通知
土地增值税项目符合应清算条件的，税源管理部门可在土地增值税清算申报期内，向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税应清算项目清算申报提醒），通知其自符合应清算条件之日起90日内办理土地增值税清算手续。一并送达的资料还应当包括《土地增值税清算申报附表》表样及其填报说明、《土地增值税清算资料交接清单》，如有需要还可根据本文件第五条规定向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税纳税辅导事项通知）。
土地增值税项目符合可要求清算条件、主管税务机关决定通知清算的，税源管理部门应当向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税清算通知），通知其自收到通知之日起90日内办理土地增值税清算手续。一并送达的资料还应当包括《土地增值税清算申报附表》表样及其填报说明、《土地增值税清算资料交接清单》，如有需要可根据本文件第五条规定向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税纳税辅导事项通知）。
《土地增值税清算申报附表》表样通过金税三期系统“土地增值税清算申报附表采集”模块下载，下载的表样自动预填土地增值税项目报告及房源报告信息。
从事房地产开发的纳税人未在规定期限内办理土地增值税清算手续的，税源管理部门应当向纳税人送达《责令限期改正通知书》，责令其限期清算。纳税人拒不清算的，税源管理部门应当根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定，在《西南区域税务行政处罚裁量基准》规定的裁量基准幅度内进行处理，并可根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第三十四条第四项规定“在土地增值税清算中符合以下条件之一的，可实行核定征收。（四）符合土地增值税清算条件，企业未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的”，提请清算领导小组核定征收土地增值税。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
五、纳税辅导
（一）纳税辅导范围
纳税人符合应清算条件，或者符合可要求清算条件已被通知清算后，税源管理部门、税政二股应当对纳税人实际清算土地增值税人员进行纳税辅导，并可根据工作需要向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税纳税辅导事项通知）。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门、税政二股
（二）纳税辅导事项
纳税辅导内容应当包括以下事项：
1.纳税人享有的权利和承担的义务。根据《国家税务总局关于纳税人权利与义务的公告》（国家税务总局公告2009年第1号），纳税人依法享有知情权、税收监督权、陈述与申辩权、税收法律救济权等权利，依法承担按时如实申报、按时缴纳税款等义务。
2.纳税人不办理清算手续、拒不提供纳税资料、提供虚假纳税资料的后果。纳税人未在规定的期限内办理土地增值税清算手续、拒不提供纳税资料或者提供虚假的纳税资料，将会被税务机关责令限期改正，并可能面临被税务行政处罚、税务检查、核定征收土地增值税等后果。
3.《土地增值税清算申报附表》填报规范。纳税人应当按照《土地增值税清算申报附表填报说明》要求如实、准确填报《土地增值税清算申报附表》，不得隐匿土地增值税应税收入、虚列扣除项目金额、将可售建筑面积调整为不可售建筑面积。
4.办理清算手续时应提供的土地增值税清算资料。
纳税人应当按照《昆明市土地增值税清算资料交接清单》规定的顺序准备纸质土地增值税清算资料，并将电子清算资料放入指定的文件夹中。确实无法提供清单中所列资料的，应当提供由纳税人签章的《土地增值税清算资料缺失情况说明》。
纳税人申报与房地产开发成本有关的电子清算资料时，应当提供合同扫描件、结算资料扫描件。合同总额在50万元以上的，纳税人还需提供记账凭证扫描件、付款凭据扫描件、合法凭据扫描件；合同总金额在1,000万元以上的，纳税人还需提供招标文件扫描件、工程签证单据扫描件。
5.与土地增值税项目清算有关政策规定。包括土地增值税清算单位的确定、不同类型房地产的核算方法、成本费用的分摊方法、扣除项目金额的扣除原则、公共配套设施的确认原则以及纳税人需要了解的其他税收政策规定。
六、申报受理
（一）清算申报
纳税人清算土地增值税时，应当确认清算税款所属期间，并将与转让房地产有关的收入、扣除项目金额归集至税款所属期止之日。纳税人办理土地增值税清算申报时，应当准确填报税款所属期起止时间。
土地增值税项目清算申报结果为补税的，纳税人应当自税款所属期期满后15日内办理税款缴纳手续，逾期按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金；土地增值税项目清算申报结果为退税的，纳税人待税务机关出具清算审核结论后办理补（退）税手续。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）清算资料接收
纳税人报送土地增值税清算资料后，税源管理部门应当核对纳税人报送资料的准确性、完整性、规范性。核对内容包括：
1.纳税人是否已填报加盖公章的《土地增值税税源明细表》《财产和行为税纳税申报表》；
2.纳税人是否已通过金税三期系统填报《土地增值税清算申报附表》；
3.纳税人是否已提供加盖公章的《昆明市土地增值税清算资料交接清单》；
4.纳税人是否已按照《昆明市土地增值税清算资料交接清单》要求提供纸质清算资料，纸质清算资料是否按顺序归集；
5.纳税人是否已按照《昆明市土地增值税清算资料交接清单》要求提供电子清算资料，电子清算资料是否按顺序整理至指定文件夹中；
6.对未能提交的清算资料，纳税人是否已提供加盖公章的《土地增值税清算资料缺失情况说明》。
税源管理部门经核对，对纳税人符合清算条件，且报送资料完备的，予以接收，与清算审核团队办理清算资料交接手续；对纳税人符合清算条件、但报送的清算资料不全的，根据《云南省地方税务局转发国家税务总局关于印发土地增值税清算管理规程的通知》（云地税发〔2009〕198号）第三条规定，通知纳税人在15个工作日内补齐资料，待纳税人在规定期限内补齐资料后，予以接收；对不符合清算条件的项目，不予受理。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（三）清算申报受理
税源管理部门与清算审核团队办理清算资料交接手续后，应当及时接收清算审核团队传递的内部通知文书并按通知内容处理。收到《土地增值税项目清算资料接收通知》的，于3个工作日内向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税清算受理通知）；收到《土地增值税项目清算资料补正通知》的，于3个工作日内向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税清算资料补正通知），通知纳税人在15个工作日内补齐资料；收到《土地增值税项目清算资料不予接收通知》的，按照本条第二项、第四项有关规定办理；收到《土地增值税项目不符合清算条件通知》的，于3个工作日内向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税清算不予受理通知）。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（四）拒不补齐清算资料后果
纳税人未在规定期限内补齐资料的，税源管理部门应当责令其限期改正。纳税人拒不提供纳税资料的，税源管理部门根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条，在《西南区域税务行政处罚裁量基准》规定的裁量基准幅度内进行处理。纳税人拒不提供纳税资料，经研判无法据实清算的，税源管理部门可提请清算领导小组核定征收土地增值税。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
七、资料交接
（一）资料移交
税源管理部门接收纳税人提供的清算资料后，应当进一步归集、整理清算资料纸质件和电子件，填制《昆明市土地增值税清算资料交接清单（内部版）》，于2个工作日内将《昆明市土地增值税清算资料交接清单（内部版）》与纳税人提供的全部清算资料一并移交给清算审核团队。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）资料接收
清算审核团队收到清算资料后，应当结合税源管理部门填制的《昆明市土地增值税清算资料交接清单（内部版）》核实纸质清算资料和电子清算资料的提供情况，其中未提供的清算资料是否已在《土地增值税清算资料缺失情况说明》中列明。经初核确认各清算资料均已提交或提供情况说明的，清算审核团队在《昆明市土地增值税清算资料交接清单（内部版）》接收单位、接收人处签名并接收；经初核部分清算资料既未提交又未提供情况说明的，清算审核团队不予接收。
责任部门：清算审核团队
（三）资料预审查
清算审核团队应当于接收清算资料后5个工作日内完成对清算资料完整性、规范性的预审。预审内容包括纸质清算资料和电子清算资料是否按要求提供、按分类归集、按顺序整理。
清算资料经预审认定符合受理标准的，清算审核团队填制《土地增值税项目清算资料受理通知》并送达税源管理部门。清算资料经预审认定需进一步补正的，清算审核团队填制《土地增值税项目清算资料补正通知》，一次性告知税源管理部门应补正资料清单，补正时限原则上不超过20个工作日；清算资料经预审认定残缺混乱、无法据以开展审核工作的，清算审核团队填制《土地增值税项目清算资料不予接收通知》，告知不予受理理由，并将清算资料退回税源管理部门；清算项目经预审认定不符合清算条件的，清算审核团队填制《土地增值税项目不符合清算条件通知》，连同清算资料一并退回税源管理部门。
责任部门：清算审核团队
（四）资料再次移交
清算审核团队出具《土地增值税项目清算资料补正通知》的，税源管理部门应当及时向纳税人制发《税务事项通知书》（土地增值税清算资料补正通知）。纳税人补正的资料经核对符合接收条件的，于2个工作日内提交清算审核团队；纳税人补正的资料经核对仍不符合接收条件的，按照本文件第六条第四项有关规定处理。
清算审核团队出具《土地增值税项目清算资料不予接收通知》并退回清算资料的，税源管理部门应当按照本文件第六条第二项、第四项有关规定处理，待清算资料收集齐全后再次移交清算审核团队。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
八、案头审核
清算审核团队是土地增值税项目案头审核的责任部门，负责对土地增值税项目基本信息、面积信息、收入信息、扣除项目金额信息开展审核。
（一）任务分配
清算审核团队受理土地增值税项目清算资料后，应当通过金税三期系统“土地增值税清算申报附表采集”模块启动清算任务，查看清算项目税负率风险扫描结果，并结合建设规模、收入规模、楼面地价以及分期开发等情况确定项目风险等级，合理分配土地增值税清算任务给审核人员。
每个土地增值税项目被分配的审核人员不得少于2人。
审核人员在开展审核前应当签署《土地增值税清算审核廉政承诺书》并提交土地增值税项目所属主管税务机关党委纪检组留存。
（二）工作分工
清算审核团队可以采取“项目审核”或“分段审核”模式开展土地增值税项目清算审核。
“项目审核”模式是指以土地增值税项目为单位分配任务给审核人员，审核人员协同完成土地增值税项目基本信息、面积信息、收入信息、扣除项目信息的审核。
“分段审核”模式是指以审核事项为单位将土地增值税项目拆分并分配专职负责相应事项的审核人员。审核事项可以拆分为基本信息审核、面积信息审核、收入信息审核、取得土地使用权所支付的金额信息审核、房地产开发成本信息审核等。
（三）依托系统功能开展智能分析和清算审核
审核人员接收被分配的土地增值税项目后，应当首先审核纳税人报送的证件信息，确认待审核项目是否存在分期分批开发情形，并分别计算楼面地价、单位房地产开发成本、单位建筑安装工程费，结合不同类型房地产的销售均价，分析纳税人申报的销售收入、为取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本等数据是否存在异常。
1.造价指标疑点审核
审核人员应当利用金税三期系统“土地增值税清算申报附表审核”模块中造价指标扫描模型，分析纳税人申报的土地增值税项目桩基础工程费用、地下室工程费用、地上建筑工程费用、户内装修费用、高档外立面工程费用、设计费用、绿化费用等是否存在异常。造价指标模型上线前，审核人员应当参照本地区同期开发、同类用地性质的历史清算项目前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的平均单价标准，分析本次审核的土地增值税项目是否存在异常。
对单位成本金额与造价标准（平均单价标准）相比存在明显偏高情形的，审核人员应当审查相应的工程合同、结算资料，结合发票、付款凭证、现场签证单据等综合研判，也可要求纳税人提供单位成本金额明显偏高的情况说明及佐证资料，判断是否存在正当理由。经分析研判无法消除疑点的，审核人员可要求纳税人委托第三方造价机构对单位造价成本合理性进行评估。
纳税人不同意评估或者纳税人提供的评估资料仍无法消除疑点，清算审核团队认定其提供的凭证或资料不符合清算要求或不实的，审核人员可根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第二项、《国家税务总局云南省税务局关于土地增值税征管若干事项的公告》（国家税务总局云南省税务局公告2020年第7号）第二条规定，参照当地建设工程造价管理部门公布的建筑安装造价定额资料，或者委托具有相应评估资质的房地产评估机构进行评估，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定四项房地产开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除；清算审核团队认定其申报的计税依据明显偏低又无正当理由的，审核人员可根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第七条第五项规定，提请核定征收土地增值税。
2.智能扫描疑点审核
金税三期系统“土地增值税清算申报附表审核”模块（二期）已实现对基本信息、面积信息、收入信息、扣除项目信息合计35个疑点的智能扫描功能，扫描内容包括：
（1）基本信息类：清算单位划分差异疑点、分期项目共同成本费用分摊疑点1、分期项目共同成本费用分摊疑点2、普通住宅划分错误疑点；
（2）面积信息类：未全额统计测绘建筑面积疑点、未如实填报可售建筑面积疑点；
（3）收入信息类：单套房屋销售价格明显偏低疑点、项目销售均价明显低于当地同期同档次销售均价疑点、项目销售均价明显高于当地同期同档次销售均价疑点、未按照发票金额全额申报收入疑点、补差价未确认收入疑点、批量销售疑点、当期销售均价明显低于往期疑点；
（4）扣除项目信息类：单位建安成本明显高于当地同期同类同档次项目单位建安成本疑点、单位建安成本明显低于当地同期同类同档次项目单位建安成本疑点、前期工程费占建筑安装工程费比例超过预警阈值疑点、基础设施费占建筑安装工程费比例超过预警阈值疑点提醒、公共配套设施费占建筑安装工程费比例超过预警阈值疑点提醒、开发间接费占建筑安装工程费比例超过预警阈值疑点提醒、记账金额明显偏离结算（合同）金额疑点提醒、未查询到发票信息疑点、发票已被冲红或作废疑点、发票类型填列不正确疑点、发票（凭据）金额填列不正确疑点、单张凭据多次扣除总金额超出凭据金额疑点、三项开发成本未取得合法凭据疑点、大额支出未匹配合同疑点、大额应付款余额疑点、结算金额明显高于合同金额疑点、与清算项目开发无关成本疑点1、与清算项目开发无关成本疑点2、开发间接费用未准确归集疑点1、开发间接费用未准确归集疑点2、其他建筑安装工程费占比偏高疑点、关联方交易疑点。
审核人员应当根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）、《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）等文件规定，对智能扫描提示的疑点事项实施应对并记录应对结果，结合纳税人报送的清算资料综合研判其是否准确填报土地面积、建筑面积、转让房地产取得的收入、扣除项目金额。必要时清算审核团队可提请清算领导小组向自然资源和规划、住房和城乡建设等部门函调与土地增值税项目有关的第三方涉税资料开展真实性分析。疑点指标的设计理念、比对逻辑等内容参阅《土地增值税清算申报质量智能评估功能模块指标设计理念及参考配置建议》。
（四）对重点事项进行人工识别和审核
1.为取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费审核
因昆明市国有建设用地供应的多元性，审核人员应当重点关注纳税人填报的为取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费（以下简称：土地成本），确认是否存在以下情形：
（1）土地出让金先征后返。从事房地产开发的纳税人签订《国有土地使用权出让合同》并支付土地出让金后，财政部门拨付财政资金给纳税人，所拨付的资金可能是根据招商引资协议返还的土地出让金，也可能是支付的一级开发成本支出及投资收益。
（2）土地出让金减免。从事房地产开发的纳税人签订《国有土地使用权出让合同》后因土地出让金减免政策并未实际支付全额土地出让金。
（3）土地出让同时配套建设义务。从事房地产开发的纳税人签订《国有土地使用权出让合同》后，根据合同或竞买公告约定还需额外承担建设义务。所额外承担的建设义务既有可能发生在开发用地红线内，也有可能发生在开发用地红线外。
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第二十一条第一项、第二项、第四项规定“审核扣除项目是否符合下列要求：（一）在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。（四）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。”纳税人未取得合法凭据的土地成本不得扣除，未实际承担的土地成本不得扣除，重复列支的土地成本不得扣除，与取得建设用地无关的土地成本不得扣除。
2.大额房地产开发成本发票审核
纳税人尤其是成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的纳税人，可能存在清算土地增值税时重复用票、滚动用票、使用虚假发票等问题。审核人员应当对签订金额在五十万元及以上的合同（合同未约定金额的，以结算金额为依据）所附发票，以及对未签订合同的十万元以上的大额发票进行审核，先查验发票的合法性、合规性、真实性、关联性，再结合《昆明市共同成本费用分摊表》确定每份合同的分摊比例及金额是否存在异常。
3.公共配套设施审核
审核人员应当关注纳税人填报的不可销售配套设施及其建筑面积，尤其是建筑面积较大的配套设施。重点审核配套设施建成后产权是否属于全体业主所有，或者建成后是否无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业。
纳税人自行将配套设施有偿转让的，应当将相应的建筑面积调整为可售已售；纳税人自行将配套设施转为企业自用或用于出租等商业用途的，应当将相应的建筑面积调整为可售未售。
纳税人或物业服务公司受全体业主委托，按照全体业主要求将属于全体业主所有的配套设施对外出租，所取得的租赁收益全部归属于全体业主所有的，不属于纳税人自行将配套设施转为企业自用或用于出租等商业用途的情形。
4.共同成本费用分摊方法审核
纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者在同一项目中建造不同类型房地产的，审核人员应当重点审核以下事项：
（1）分摊方法是否符合《国家税务总局云南省税务局关于土地增值税征管若干事项的公告》（2020年第7号）第三条规定；
（2） 纳税人在前期清算项目中已申报分摊扣除的共同成本费用，本期清算项目的扣除方式及分摊方法是否保持一致；
（3）纳税人在前期清算项目中已申报指定归集的成本费用，本期清算项目是否存在重复扣除的问题；
（4）相同类型的成本费用是否采用了相同的分摊方法。
5.利息支出审核
纳税人申报利息支出据实扣除的，审核人员应当重点审核以下事项：
（1）发生的利息支出是否是向金融机构借款产生，是否取得了金融机构证明；
（2） 发生的利息支出是否能够按转让房地产项目计算分摊；
（3） 发生的利息支出是否已取得合法凭据；
（4）发生的利息支出是否超过了按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；
（5） 利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减了利息支出。
6.税金审核
（1）已缴土地增值税税额审核
审核人员应当对纳税人填报的已缴土地增值税税额进行审核，查看《已缴土地增值税税金统计表》与土地增值税完税凭证是否一致。对分期开发的土地增值税项目，还应当关注纳税人是否在申报各期土地增值税时重复使用完税凭证。
（2）与转让房地产有关的税金审核
审核人员应当对纳税人填报的与转让房地产有关的税金进行审核，查看《与转让房地产有关的税金统计表》与完税凭证是否一致。对分期开发的土地增值税项目，还应当关注纳税人是否在申报各期与转让房地产有关的税金时重复使用完税凭证。
审核人员调增土地增值税应税收入的，还应当提醒税源管理部门关注纳税人是否就被调增的收入金额申报缴纳流转税和企业所得税。
7.《土地增值税清算税款鉴证报告》披露的重点事项审核
审核人员应当关注《土地增值税清算税款鉴证报告》及其附件中披露的与清算项目有关的特殊事项，结合案头资料研判政策适用及税款计算的准确性。
（五）核定收入、核定房地产开发成本
审核人员按照本指引第八条第四项规定对土地增值税项目进行审核时，发现纳税人转让房地产成交价格明显偏低且无正当理由，或者申报不实的，可以核定土地增值税应税收入；发现纳税人所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或者资料不符合清算要求或者不实的，可以核定上述四项开发成本的单位面积金额标准。
审核人员决定核定收入、核定房地产开发成本的，应当按照本指引第十条、第十一条规定，在完成土地增值税项目初审后提请清算审核团队集体审核，并与纳税人交换意见。
九、实地核查
经案头分析需实地核查的，审核人员应当按照《优化税务执法方式全面推行“三项制度”实施方案》（税总发〔2019〕31号）要求开展实地核查，审核人员下户核查时应遵守廉洁纪律。
每次实地核查的审核人员不得少于2人。审核人员实地核查时应持《税务检查证》并亮明身份，全程佩戴执法记录仪记录执法全过程。必要时可携带《现场笔录》记录现场情况，对发现的重要证据应当采取拍照、摄像、复印等方式固定留痕。
责任部门：清算审核团队
十、初审初核
审核人员完成土地增值税项目初审后，应当按照工作分工，共同撰写《土地增值税项目初审报告》，提请清算审核团队集体审核。清算审核团队集体审核前，应当另行指派2名未参与清算审核工作的人员对大额成本费用发票抽样检查并实行双人复审复核，填制《昆明市大额成本费用发票抽样检查记录表》。抽样检查比例不得低于大额成本费用发票的10%，抽样检查内容应当留痕备查。
清算审核团队组长召集土地增值税项目初审会议，遵照“一人一票”“末位发言”“少数服从多数”等原则，对土地增值税项目初审事项集体审核，确认清算初审结果。集体审核内容包括证据资料是否齐全、政策适用是否准确、审核程序是否规范、执法文书是否合法、大额成本费用发票复审复核是否存在异常等。
清算审核团队集体审核认定事实不清、须进一步调查取证的，应当提出明确的审核方法和处理意见，审核人员结合意见开展案头审核或实地核查，收集证据资料，完善《土地增值税项目初审报告》，再次提交清算审核团队集体审核。
土地增值税项目案头审核、实地核查、初审初核总时限原则上不得超过20个工作日。
责任部门：清算审核团队
十一、意见交换
清算审核团队完成土地增值税项目初审初核后，审核人员制作《税务事项通知书》（土地增值税清算审核意见交换通知）并提请税源管理部门送达纳税人。文书中应当明确告知清算审核结果，包括审核后应缴纳土地增值税税额、减免税额、已缴土地增值税税额（包括预缴土地增值税税额、清算申报缴纳土地增值税税额）、应补（退）土地增值税税额，并逐项列举审核过程中发现的问题、审核调整的金额、对应的税收政策依据，明确纳税人提交书面反馈意见及佐证资料的时限。
纳税人应当在通知期限内提交书面意见及佐证资料，逾期不提供且无正当理由的，视为无意见。
经纳税人在通知期限内提请，清算领导小组可以主持召开税企交换意见现场座谈会，主持人由清算领导小组组长指定。纳税人和清算审核团队分别选派代表参加座谈，主管税务机关根据工作需要可派人旁听。座谈会开始前，主持人应当指定记录人员记录现场座谈情况并形成《土地增值税项目清算审核税企交换意见现场座谈会会议记录》。座谈会开始后，纳税人代表就存在意见的审核调整事项举证，充分表达观点，解答清算审核团队提出的疑问；清算审核团队代表审阅纳税人提交的举证资料，充分听取纳税人意见，对仍然不能排除的疑点进行提问。现场座谈会结束后，记录人员将会议记录传阅给纳税人代表、清算审核团队代表核对，双方核对无误后在会议记录上签名。会议记录一式两份，一份交由主管税务机关留存，一份交由清算审核团队留存。
审核人员自收到反馈意见之日起5个工作日内完成核实工作，提请清算审核团队集体复核形成清算审核结果。审核人员根据复核意见撰写《土地增值税项目审核报告》，填制《土地增值税项目清算审核结果表》。
责任部门：清算领导小组、清算审核团队
十二、清算审核结果报告
清算审核团队完成土地增值税项目清算审核后，应当向清算领导小组提交《土地增值税项目审核报告》《土地增值税项目清算审核结果表》，办理清算资料交接手续。
《土地增值税项目审核报告》和清算资料的接收工作由清算领导小组副组长负责。
责任部门：清算领导小组、清算审核团队
十三、清算审核结果合议
清算审核团队提交《土地增值税项目审核报告》后，清算领导小组组长根据土地增值税项目具体情况确定合议会议的召开时间和方式，以及参加合议会议的人员名单，组织召开清算审核结果合议会议。
清算审核团队列席合议会议，不参与合议决议。
土地增值税项目清算审核结果经合议决定不予通过的，清算领导小组应当明确指出问题、分析成因，提出切实可行的解决方案，并指定清算领导小组参会人员带领清算审核团队审核人员完成问题复核。
清算审核团队审核人员应当积极配合、协助清算领导小组指定的人员开展复核。
责任部门：清算领导小组
十四、提请核定征收
（一）税源管理部门提请核定征收
税源管理部门在土地增值税清算申报、受理环节，发现纳税人符合下列核定征收条件的，可以向清算领导小组提请核定征收土地增值税：
1.依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
2.擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
3.符合土地增值税清算条件，企业未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。
纳税人虽办理了土地增值税清算申报，但拒不提供其他清算资料的，可按“拒不提供纳税资料”核定征收土地增值税。拒不提供其他清算资料，是指纳税人未在规定的期限内报送其他清算资料，经税务机关责令限期提供，逾期仍不提供的。
税源管理部门可参照清算审核团队提请核定征收的有关工作流程及表证单书式样，向清算领导小组提交《土地增值税项目核定征收报告》及佐证资料。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）清算审核团队提请核定征收
清算审核团队审核人员在土地增值税案头审核、实地核查环节，发现纳税人符合下列核定征收条件的，可以向清算审核团队提请核定征收土地增值税：
1.虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
2.申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
审核人员应当撰写《土地增值税项目核定征收报告》，提请清算审核团队集体审核。经集体审核确认应采取核定方式征收土地增值税的，审核人员在《土地增值税项目核定征收报告》中添加集体审核意见，连同佐证资料一并提交清算领导小组审定。
责任部门：清算审核团队
十五、清算方式集体审定
清算领导小组应当自收到税源管理部门、清算审核团队提交的《土地增值税项目核定征收报告》后5个工作日内召开土地增值税清算方式合议会议。清算领导小组组长根据土地增值税项目具体情况确定合议会议的召开时间和方式，以及参加合议会议的人员名单。
清算领导小组合议结果为核定征收土地增值税的，税源管理部门通过金税三期系统“税务事项通知书制作”模块制作并向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税核定征收通知）；清算审核团队启动核定征收结果审核流程。清算领导小组合议结果为不予核定征收土地增值税的，退回税源管理部门、清算审核团队重审。
责任部门：清算领导小组
十六、核定征收结果审核
（一）核定征收资料交接
清算领导小组合议同意税源管理部门提交的核定征收申请后，税源管理部门应当按照《昆明市土地增值税核定资料交接清单》要求，收集整理清算资料，连同《税务事项通知书》（土地增值税核定征收通知）一并移交清算审核团队启动核定征收率确定流程。税源管理部门、清算审核团队参照本指引第七条办理资料交接手续。
清算领导小组合议同意清算审核团队提交的核定征收申请后，清算审核团队启动核定征收率确定流程。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门、清算审核团队
（二）核定征收率确定
对核定征收土地增值税的项目，审核人员应当根据工作分工，参照《国家税务总局昆明市税务局土地增值税核定征收率确定规则》所列办法，分别审核确认土地增值税应税收入、取得土地使用权所支付的金额，测算房地产开发成本、与转让房地产有关的税金、代收费用，计算房地产开发费用、财政部规定的其他扣除项目，测算增值额和应缴土地增值税税额，得出不同类型房地产税负率，据以确定核定征收率，计算核定征收结果，提请清算审核团队集体审核。
责任部门：清算审核团队
（三）核定征收结果合议
清算审核团队参照本指引第十条至第十二条规定，完成对核定征收结果的初审初核，与纳税人交换意见，提交《土地增值税项目核定征收结果审核报告》《土地增值税项目清算审核结果表》，办理清算资料移交手续，提请清算领导小组对核定征收结果进行合议。
清算领导小组参照本指引第十三条规定，对核定征收结果进行合议，审定土地增值税项目清算审核结论。
责任部门：清算领导小组、清算审核团队
十七、资料归档
清算领导小组合议审定土地增值税清算审核结论后，将全部清算资料移交税源管理部门。
税源管理部门应当按照档案管理的相关要求将清算资料完整归集、妥善保管。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
十八、审核结论出具
（一）据实清算项目
清算审核团队根据清算领导小组合议结论，完成土地增值税清算申报附表审核流程，填制《土地增值税项目清算审核结论表》并提交税源管理部门。税源管理部门根据《土地增值税项目清算审核结论表》填列信息，使用金税三期系统“土地增值税清算审核（新）”模块录入清算审核结论，制作并向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税清算审核结论通知），要求纳税人在通知期限内办理土地增值税补（退）税事宜。
要求纳税人办理土地增值税补（退）税事宜的期限原则上不超过十五日。有特殊情况需要延长期限的，应当提请清算领导小组合议确定，原则上不超过三个月。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（二）核定征收项目
清算审核团队根据清算领导小组合议结论，完成土地增值税清算申报附表审核流程，填制《土地增值税项目清算审核结论表》并提交税源管理部门。税源管理部门根据《土地增值税项目清算审核结论表》填列信息，使用金税三期系统“土地增值税清算审核（新）”模块录入清算审核结论，制作并向纳税人送达《税务事项通知书》（土地增值税核定征收审核结论通知），要求纳税人在通知期限内办理土地增值税补（退）税事宜。
要求纳税人办理土地增值税补（退）税事宜的期限原则上不超过十五日。有特殊情况需要延长期限的，应当提请清算领导小组合议确定，原则上不超过三个月。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
（三）纳税人拒不就清算审核结论办理申报错误更正
税源管理部门送达清算审核结论通知文书后，纳税人应当在通知期限内，根据清算审核结论提请发起申报错误更正流程并办理补（退）税事宜。纳税人对清算审核结论有异议的，可依法提请行政复议，不得拒不办理土地增值税补（退）税事宜。
土地增值税清算审核结果为补税，纳税人未在通知期限内办理土地增值税补税事宜，构成偷税、逃避追缴欠税、抗税、骗取出口退税的，税源管理部门应当整理与案件相关数据、信息和线索等资料，提请清算领导小组移交稽查局处理；尚未构成偷税、逃避追缴欠税、抗税、骗取出口退税的，税源管理部门根据相关税收征管流程和欠税管理规定转入欠税管理，必要时可由清算领导小组提请稽查局配合采取措施发挥震慑作用。
责任部门：清算领导小组、土地增值税项目所属税源管理部门
（四）纳税人拒不办理核定申报
税源管理部门送达核定征收审核结论通知文书后，纳税人应当在通知期限内，根据核定征收审核结论提交《土地增值税税源明细表（3.从事房地产开发的纳税人按核定征收方式清算适用）》《财产和行为税纳税申报表》并办理补（退）税手续。纳税人对核定征收审核结论有异议的，可依法提请行政复议，不得拒不办理土地增值税补（退）税事宜。
土地增值税核定征收审核结果为补税，纳税人未在通知期限内办理土地增值税补（退）税事宜的，税源管理部门责令其限期改正。经责令限期改正逾期仍不办理土地增值税补（退）税事宜，构成偷税、逃避追缴欠税、抗税、骗取出口退税的，税源管理部门应当整理与案件相关数据、信息和线索等资料，提请清算领导小组移交稽查局处理；尚未构成偷税、逃避追缴欠税、抗税、骗取出口退税的，税源管理部门根据相关税收征管流程和欠税管理规定转入欠税管理，必要时可由清算领导小组提请稽查局配合采取措施发挥震慑作用。
责任部门：清算领导小组、土地增值税项目所属税源管理部门
十九、尾盘管理
纳税人办理土地增值税项目清算申报后，税源管理部门应当及时将该项目转入尾盘管理，要求纳税人依法按期办理土地增值税尾盘申报。
纳税人在办理土地增值税项目清算申报的当月尚未办理土地增值税项目预缴申报的，自办理土地增值税项目清算申报的当月起办理土地增值税项目尾盘申报；已办理土地增值税项目预缴申报的，自办理土地增值税项目清算申报的次月起办理土地增值税项目尾盘申报。
纳税人已办理土地增值税项目清算申报、税务机关尚未出具土地增值税清算审核结论的，纳税人在办理土地增值税项目尾盘申报时，扣除项目金额暂按清算申报时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
纳税人根据清算审核结论办理申报错误更正后，应当结算自首次办理土地增值税项目尾盘申报当月起至办理申报错误更正上月止的转让房地产收入、扣除项目金额，并办理土地增值税项目尾盘补（退）税手续。
税源管理部门应当加强对土地增值税项目的尾盘管理，对存在税收违法行为的纳税人，根据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
二十、售罄注销
已完成清算的土地增值税项目全部竣工、完成销售后，纳税人可申请办理土地增值税项目售罄注销。税源管理部门应当对土地增值税项目预缴、清算、尾盘申报及纳税情况进行审核，符合办理土地增值税项目注销条件的，通过金税三期系统办结土地增值税项目注销手续。
纳税人未办理土地增值税项目售罄注销手续的，税源管理部门不予办理法人注销手续。
责任部门：土地增值税项目所属税源管理部门
本指引自2022年10月1日起施行。
附件：
1.土地增值税内部管理表证单书汇总（模板）
2.土地增值税外部执法文书汇总（模板）
3.土地增值税清算评估工作底稿（参考式样）
4.土地增值税项目审核结果表/审核结论表（模板）
5.昆明市土地增值税清算（核定）资料接件清单及配套资料（税源管理部门和纳税人交接与税源管理部门和清算审核团队交接，均使用本清算资料交接清单。税源管理部门和清算审核团队交接时，不需要提交用于查验的清算资料原件）
6.土地增值税清算申报质量智能评估功能模块指标设计理念及参考配置建议
7.《土地增值税清算申报附表填报说明》
8.国家税务总局昆明市税务局土地增值税核定征收率确定规则（试行1.1）
9.昆明市四项房地产开发成本标准参照表（2023年度）